Rozdělení CHKO Třeboňsko do zón:

Zonace je identická se zónováním biosférické rezervace Třeboňsko (core area, buffer zone, transition zone) a respektuje specifický charakter Třeboňska jako krajiny člověkem přeměněné a poměrně silně hospodářsky využívané.

I. zóna CHKO Třeboňsko
•    Do první zóny jsou zařazena vybraná maloplošná zvláště chráněná území, jejich ochranná pásma a některá další přírodně mimořádně hodnotná území, která dohromady tvoří kostru reprezentující a zajišťující ochranu všech typických biotopů Třeboňska. 
•    První zóna má rozlohu 3749 ha, což je přibližně 5,36 % území a zahrnuje 10 oddělených oblastí. 
•    Červené blato, Žofinka a Široké blato reprezentují přechodová rašeliniště. 
•    Rybník Ruda má rašeliniště ve výtopě. 
•    Horní Lužnice a Stará řeka zahrnuje původní úseky řek se zaplavovanými nivami, periodickými říčními tůněmi, zbytky lužních lesů a okolními mokřady.
•    Na rybnících Velký Tisý a Rožmberk se druhotně vytvořila bohatá litorální společenstva. 
•    Horusická blata a Záblatské louky jsou lokaliřtou s posledními zbytky typických rašelinných a podmáčených jihočeských luk.

II. zóna CHKO Třeboňsko
•    Do druhé zóny jsou zařazena území s významnými přírodními hodnotami, která nejsou chráněna formou MZCHÚ nebo I. zóny. 
•    Zde jsou to větší rybniční soustavy, souvislé lesní komplexy s význačným podílem porostů přirozené druhové skladby, některé nivy vodních toků s břehovými porosty a cenné luční plochy. 
•    Rozloha II. zóny je cca 35 879 ha, což je přibližně 51,26 % plochy CHKO.

III. zóna CHKO Třeboňsko
•    Třetí zóna zahrnuje zbývající území CHKO, obvykle tvoří přechod mezi význačnými partiemi CHKO a okolní krajinou. 
•    Je sem zařazena převážná většina zemědělsky obhospodařovaných ploch, lidských sídel, důležitých komunikací a místa s těžbou nerostných surovin. 
•    Třetí zóna zaujímá plochu cca 30 372 ha, což je 43,38 % plochy CHKO.