Na území CHKO Třeboňsko je vyhlášeno celkem 32 maloplošných zvláště chráněných území. 

V kategorii národní přírodní rezervace je vyhlášeno:

NPR Červené blato - Podhorské rašeliniště s rozlehlými porosty borovice blatky a rojovníku bahenního

NPR Stará a Nová řeka - Mokřadní srdce Třeboňska

NPR Velký a Malý Tisý - Pestrá mozaika otevřených vodních ploch a na ně navazujících společenstev mokřadní vegetace

NPR Žofinka - Území podmáčených rašelinných lesních porostů

V kategorii národní přírodní památka je vyhlášena:

NPP Ruda -  Slatiniště s vývěry železitých vod

NPP Vizír - Na první pohled nenápadný rybník schovaný v rozsáhlém lesním komplexu

NPP Kaproun - Svahové prameniště se vzácnou orchidejí leží mimo CHKO Třeboňsko 

V kategorii přírodní rezervace jsou vyhlášeny:

PR Bukové kopce -  Zachovalý původní typ lesa

PR Dračice - Na Třeboňsku jedinečný balvanitý kaňon divoké říčky Dračice

PR Horní Lužnice - Rezervace chrání výjimečně zachovaný přirozeně meandrující tok Lužnice

PR Horusická blata - Neprostupné mokřady ve výtopě rybníka

PR Losí blato - Lesní rašeliniště s borovicí blatkou

PR Na Ivance - Řeka Lužnice přirozeně meandruje úzkou říční nivou

PR Olšina u Přeseky - Olšina s ďáblíkem bahenním

PR Písečný přesyp u Vlkova - Odkrytá písečná duna

PR Rašeliniště Hovízna - Rašeliniště na pramenných vývěrech

PR Rašeliniště Pele - Zrašelinělá potoční niva a výtopa rybníka

PR Rod - Rybník s rašeliništěm

PR Ruda u Kojákovic - Mozaika mělčin, stok a menších ostrůvků v části rybníka Ruda u obce Kojákovice

PR Rybníky u Vitmanova - Rybníky s kolonií kormorána velkého

PR Staré jezero - Rozsáhlý rybník s mnoha ostrovy a členitými břehy

PR Široké blato - Vytěžené plochy s regenerujícím rašeliništěm

PR V Luhu - Porost tvrdého luhu se zbytky odstavených ramen řeky Lužnice

PR Výtopa Rožmberka - Mokřad podél vtoku řeky Lužnice (Staré řeky) do rybníka Rožmberk

PR Záblatské louky - Podmáčené rašelinné louky

V kategorii přírodní památka je vyhlášeno:

PP Branské doubí - Pozoruhodný dubový porost na okraji Třeboně

PP Hliníř - Menší rašeliniště s řadou mělkých tůněk navazující na rybník

PP Kozí vršek - Bývalá pastvina s koniklecem jarním

PP Krabonošská niva - Opuštěné louky při vtoku Lužnice do České republiky

PP Kramářka - Těžebna vrácená přírodě

PP Pískovna u Dračice - Území má charakter pouštní či polopouštní oblasti

PP Slepičí vršek - Písečná duna

PP Soví les - Jehličnatý les na podmáčeném rašelinném místě bývalého rybníka Hrádeček